Bioinformatiker

Helse Stavanger HF, Stavanger Universitetssjukehus, eies av Helse Vest og har ansvar for spesialisthelsetjenesten i Sør-Rogaland. Med 7800 ansatte er vi en av regionens største virksomheter. Våre hovedoppgaver er pasientbehandling, utdanning av helsepersonell, pasientopplæring og forskning. Vår visjon er å fremme helse og livskvalitet gjennom disse oppgavene. Forskning er et dedikert satsingsområde for å befeste vår posisjon som universitetssykehus og fremme kompetansen til alle ansatte. Vi har flere kompetansesentre og spesialfunksjoner. Våre ansatte er vår viktigste ressurs, og vi ønsker å tiltrekke oss de beste fagfolkene. Vi jobber kontinuerlig for økt trivsel og godt arbeidsmiljø.

SUS deltar i en nasjonal satsing for å etablere infrastruktur for presisjonsdiagnostikk (InPreD) innen kreft. Vi skal ha bred instrumentering, gode digitale løsninger og sørge for utdanning og kompetanseoverføring til mindre sykehus. Vi etablerer nødvendige laboratorieanalyser for presisjonsmedisin og legger til rette for infrastruktur, biobanking og studiespesifikke analyser i kliniske studier. I tillegg er vi også en del av ProBio-studien som er en internasjonal plattformstudie som undersøker biomarkørdrevet behandling av metastatisk prostatakreft. NGS er en viktig metode for å generere data for presisjonsdiagnostikk, og tilstrekkelig kompetanse for utvikling og drift av programvare og kvalitetskontroll er avgjørende.

Vi er på utkikk etter en bioinformatiker med betydelig IKT kompetanse som skal bidra i å bygge opp den lokale og nasjonale infrastrukturen ved presisjonsdiagnostikk spesielt inn mot omics teknologier. Stillinga er ei 100% midlertidig stilling.
Seksjon for kvantitativ og molekylær patologi tilbyr en 100% vikariat for 1 år.
Tiltredelse snarlig eller etter avtale. Avhengig av kandidatens ekspertise og kompetanse kan deltidsansettelse forhandles.

Sertifikater, vitnemål og annen relevant dokumentasjon må legges ved søknaden.

SUS is involved in a national initiative to establish an infrastructure for precision diagnostics (InPreD) in the field of cancer. It will have a wide range of instrumentation and methods, good digital solutions and provide education and competence transfer to smaller hospitals. We will establish the necessary laboratory analyses for precision medicine and facilitate infrastructure, biobanking and study-specific analyses in clinical studies. In addition, we are also part of the ProBio study, which is an international platform study investigating biomarker-driven treatment of metastatic prostate cancer. NGS is an important method for generating data for precision diagnostics and sufficient competence for the development and operation of software and quality control of this data is of great importance.
We are looking for a bioinformatician or a molecular biologist with a strong background in ICT and genomics to help build the local and national infrastructure for precision diagnostics.
The unit for quantitative and molecular pathology are offering a 100% temporary position for 1 year. Start date is as soon as possible or by agreement. Depending on the candidate’s expertise and competency, part-time employment can be negotiated.
Certificates, diplomas and any other relevant documentation must be attached to the application.

Arbeidsoppgaver

• Utvikle, implementere og vedlikeholde bioinformatikk-pipelines for å analysere NGS-data fra flytende biopsier.
• Utføre NGS-relatert dataanalyse innen persontilpasset medisin med fokus på å identifisere somatiske endringer (mutasjoner) og endringer (profiler/signaturer).
• Sikre sikker lagring og håndtering av sensitive pasientgenomdata.
• Jobbe tett med patologer, onkologer, molekylærbiologer og forskere.
• Bidra til virtuelle tverrfaglige møter som "Molecular Tumor Boards" (MTB) lokalt.
• Utføre bioinformatiske analyser for avdelingen (RNAseq, ChIPseq og nanopore seq).
• Designe og utvikle spesialiserte bioinformatiske analyser i samarbeid med avdelingens ansatte.
  

• Develop, implement and maintain bioinformatics pipelines for analyzing NGS data from liquid biopsies.
• Perform NGS related data analysis within personalized medicine with a focus on identifying somatic changes (mutations) and patterns of change (profiles/signatures).
• Ensure secure storage and handling of sensitive patient genomic data.
• Work closely with pathologists, oncologists, molecular biologists and researchers.
• Contribute to virtual interdisciplinary meetings such as "Molecular Tumor Boards» (MBT) locally.
• Perform bioinformatic analyses for the department (RNAseq, ChIPseq and nanopore seq).
• Design and develop specialized bioinformatic analyses in synergy with department staff.

Kvalifikasjoner

• Master eller PhD (ønskelig) i bioinformatikk, computational biology, eller relaterte felt med bakgrunn i IT / biologiske vitenskaper.
• Erfaring med verktøy og pipelines for håndtering, analyse og visualisering av NGS-data (f.eks. GATK, FastQC, BWA, SAMtools).
• Kompetanse med terminalbasert arbeid i et Linux-miljø og programmering i et relevant språk (bash, python, R osv.).
• Kompetanse med teknologier som HPC, slurm, kubernetes, git, Docker/Singularity Containers osv.
• Erfaring med Illumina-sekvenseringsplattformer og målrettede genpanelbaserte analyser vil være en fordel.
• Kjennskap til liquid biopsies og sekvensanalyse av sirkulerende tumor-DNA (ctDNA) vil bli foretrukket.
• Erfaring med genomikkdrevet grunnleggende forskning eller kliniske kreftstudier anses som en fordel.
• Muntlig og skriftlig norsk er essensielt for riktig pasientbehandling. Søkere som har et annet morsmål enn norsk, svensk eller dansk, og som ikke har fullført norsk videregående skole, må minst ha bestått Bergenstesten, eller en annen norsk test på B2-nivå; eller bestå eksamen innen prøvetiden på 6 måneder. Dokumentasjon må legges ved søknaden. Ved ansettelse av noen som allerede er fast ansatt på SUS, kan kravet om å ha bestått norskprøven på B2-nivå fravikes i unntakstilfeller. Avhengig av kandidatens ekspertise og kompetanse kan dette kravet forhandles.
  
  
• Master or PhD (preferable) in bioinformatics, computational biology or related field with background in IT / biological sciences.
• Extensive experience with tools and pipelines for handling, analyzing, visualizing NGS data (e.g. GATK, FastQC, BWA, SAMtools).
• Proficiency in terminal-based work in a Linux environment and scripting in a relevant scripting language (bash, python, R etc).
• Competency with technologies like HPC, slurm, kubernetes, slurm, git, Docker/Singularity Containers etc.
• Experience with Illumina sequencing platforms and targeted gene panel-based assays will be advantage.
• Familiarity with liquid biopsy approaches, and sequence analysis of circulating tumor DNA (ctDNA) analysis will be preferred.
• Experience in genomics driven basic or clinical cancer studies is considered an advantage.
• Spoken and written Norwegian is essential for proper patient care. Applicants who have a native language other than Norwegian, Swedish or Danish, and who have not completed Norwegian-language upper secondary school, must at least have passed the Bergenstesten, or another Norwegian test at B2 level; or pass the exam within the 6-month probationary period. Documentation must be attached to the application. When hiring someone who is already a permanent employee in the company, the requirement to have passed the Norwegian test at B2 level may be waived in exceptional cases. Depending on the candidate’s expertise and comptency, this requirement may be negotiated.
  

Personlige egenskaper

• Kandidaten må være kvalitetsbevisst, ryddig, nøyaktig, ansvarlig og fleksibel.
• Kandidaten må være villig til å jobbe selvstendig samt ha evnen til å samarbeide internt og eksternt.
• Kandidaten bør ha interesse for tverrfaglig samarbeid og ha evnen til å jobbe med parallelle prosjekter.
  
  
• The candidate must be quality-conscious, tidy, accurate, responsible, and flexible.
• The candidate must be willing to work independently as well as have the ability to collaborate internally and externally.
• The candidate should have an interest in interdisciplinary collaboration and have the ability to work on parallel projects.

Vi tilbyr

• Arbeidet vil i hovedsak bli utført på seksjon for kvantitativ og molekylærpatologi. Forskjellige forsknings grupper fra sykehuset jobber her og utgjør et spennende og hyggelig internasjonalt forskningsmiljø med kompetanse innen en rekke felt
• Deltid på hjemmekontor kan forhandles.
• Gode velferdsordninger
• Gode pensjonsordninger
• Gode forsikringsordninger
• Nytt sykehus fra høsten 2025
  
  
• The work will be carried out at the Department of Pathology at Stavanger University Hospital. Various research groups work in close collaboration and form an exciting and pleasant international research environment with expertise in a number of fields.
• Part-time work from home may be negotiated.
• Good welfare schemes.
• Good pension schemes
• Good insurance schemes

Vi oppfordrer alle søkere til å benytte Vitnemålsportalen for å laste opp verifiserte vitnemål og karakterutskrifter, der det er mulig. Har du utdanning fra utlandet, legg ved godkjenning fra Direktoratet for høyere utdanning og kompetanse.

Mangfoldserklæring

Foretaksgruppen i Helse Vest ønsker å gjenspeile mangfoldet i befolkningen i vår rekruttering. Vi oppfordrer alle som er kvalifiserte til å søke ledige stillinger uansett kjønn, alder, funksjonsevne og flerkulturell bakgrunn. Det samme gjelder dersom man har hatt et lengre opphold fra arbeidslivet. Foretaksgruppen Helse Vest ønsker å legge til rette for et inkluderende rekruttering.